控制叛军在少年三国志中首要关注阵容的合理搭配，玩家需要将治疗型武将替换为输出型角色，以最大化攻击效率，同时根据叛军类型选择适合的阵型，例如优先使用能针对后排的武将，并搭配提供增益效果的辅助角色，确保前排放置防御型或主力输出武将，后排放置高伤害单位，从而在有限的回合内造成更高伤害。
时间管理是叛军控制的关键环节，叛军通常在固定时间段刷新，例午和晚上，玩家需提前储备征讨令以应对挑战，不同时段的令牌消耗和功勋奖励各有差异，晚上参与往往能获得加成，因此合理安排游戏时间并集中资源在这些高峰期出击，可以显著提升效率并获取更多稀有资源。
武将的培养和强化直接影响到叛军挑战的成败，优先提升主力输出武将的突破等级和攻击属性，因为突破后的武将能获得更高的伤害加成，同时将资源如天命石和培养丹集中用于核心角色，避免分散投资，装备精炼也应侧重攻击力提升，确保在叛军战中能快速削减敌方血量。
战斗中的策略执行包括武将位置安排和技能释放时机，在自动战斗模式下，玩家需谨慎选择六名武将的出战顺序和站位，将高输出单位置于前排或关键回合出场，并利用控制技能打断敌方大招，同时注意地形和阵营加成，例如利用障碍物保护远程单位，或匹配阵营以激活额外伤害提升效果。
额外技巧如团队协作和时机把握能进一步优化叛军控制，与盟友组队分工应对不同叛军类型，避免内部竞争，同时掌握卡秒技巧在刷新瞬间快速进入战斗，提高抢夺首击奖励的机会，日常积累征讨令和精力丹用于关键活动日，确保资源不浪费并维持持续挑战能力。
