火影忍者手游提供了极为丰富的忍者角色供玩家收集与操控，游戏中可操作的忍者数量庞大，涵盖了原著中从主角到众多配角的广泛阵容，玩家可以通过多种途径逐步解锁和招募他们，体验不同的战斗风格与技能连招。
这些忍者角色主要通过收集碎片的方式获得，例如参与游戏内活动、挑战特定副本或在招募系统中抽取，高招活动是获取强力忍者的核心途径，新手玩家合理规划资源是建立忍者库的关键。
游戏中的忍者存在强度与定位的差异，部分忍者因技能机制全面、爆发力强而被认为是版本热门选择，但每个忍者都有其独特的特点和适用场景，角色的实际强度很大程度上依赖于玩家的操作熟练度与对技能的理解。
不同的游戏模式对忍者的需求也各不相同，例如在团队副本中可能更需要高爆发的输出型忍者，而在决斗场等玩家对战中，则更看重忍者的起手能力、灵活性与反手性能，一些技能范围广的忍者则适合用于快速清理副本小怪。
初期选择技能直观、易于上手的忍者更为友好，这有助于快速熟悉游戏的基本操作与战斗机制，对游戏理解的加深，再逐步尝试和练习技能衔接要求更高、机制更复杂的忍者，从而全面体验游戏的深度。
