通关一周目后，咱们直接在家门口开始二周目冒险。大木博士会主动找上门，如果图鉴收集超过60种，他会帮忙升级成全国图鉴模式。这时候别急着挑战四天王，先去枯叶市码头坐船到1岛。在岛上网络中心会遇到需要红宝石修机器的NPC，接着直奔灯火山，右侧洞穴有两个火箭队余党，打败他们后进洞深处拿到红宝石。交还红宝石后，咱们会获得彩虹通行证，开启七岛之间的自由穿梭。
这里能遇到冰天王科拿的家，从她家右侧冰洞进入，注意踩两次会碎的冰面，右下角可学会攀瀑技能。爬上瀑布后帮科拿打败火箭队，得知他们下一个目标是5岛仓库。这时候别急着追，先到5岛右侧空地击败火箭队小兵，但仓库需要密码才能进。从5岛向上冲浪到小岛找老爷爷拿怪兽蛋，再到6岛标记森林抓虫系宝可梦，最后在6岛右侧洞穴用居合斩开门，按右、上、下顺序掉洞找到蓝宝石。
蓝宝石会被NPC抢走，直接杀回5岛仓库输入密码。在仓库右上角击败NPC夺回蓝宝石，再回1岛交任务，设备就能正常运作了。这时候可以挑战7岛的训练师塔提升等级，或者去山谷中央洞穴推石头触发遗迹中的未知图腾。如果之前漏抓三神鸟，记得补抓：闪电鸟在无人发电厂深处，火焰鸟在灯火山顶层，急冻鸟需从红莲市冲浪到双子岛，用怪力术堵住水道后在最底层遇见。
最后的重点是超梦洞穴，队伍建议带会碎岩技能的宝可梦清路。洞穴里野生宝可梦等级高且出现频繁，准备好充足回复道具。最深处会遇到70级超梦，用高级球或大师球捕捉。完成这些后，二周目主线基本结束，但别忘了四天王阵容已更新，冰天王带着乘龙和迷唇姐，龙天王有快龙和化石翼龙，提前调整队伍属性克制能轻松过关。
整个流程关键在于合理规划路线，避免重复跑图。七岛任务链环环相扣，按红蓝宝石、仓库密码、遗迹触发的顺序推进最省时间。战斗方面优先培养速攻型宝可梦，比如风速狗或雷精灵，高爆发技能能快速解决杂兵。如果中途卡关，不妨回1岛灯光温泉回复状态，或者用战斗探测器在训练师塔刷经验。
